在2025年3月25日,西湖大学医学院郭天南团队在《Cell Research》期刊上发表了一篇题为《GrowAIVirtualCells:ThreeDataPillarsandClosed-LoopLearning》的评论文章,探讨了人工智能虚拟细胞(AIVCs)的发展方向。AIVCs的核心在于通过人工智能与多模态数据的整合,构建出准确且可扩展的虚拟细胞模型。与传统的虚拟细胞建模方法相比,AIVCs能够更全面地模拟细胞功能,并且以高通量的形式进行仿真,甚至在某些情况下可以替代实验室实验。
三大数据支柱:AIVCs的基础构建
为了更好地支持AIVCs的发展,该研究提出了三大数据支柱,包括先验知识、静态结构和动态状态。这些数据结合AI算法,为虚拟细胞的构建提供了必要的基础。先验知识包括生物医学文献、分子表达数据和多尺度成像数据,涵盖了细胞生物学的基本机制。尽管数据庞大且多样,但信息通常比较分散,难以直接用于构建完整的AIVC。
静态结构则涉及细胞的形态学及分子组成,提供了细胞的三维空间结构信息。然而,仅依赖静态数据无法反映细胞的动态变化,因此动态状态显得尤为重要,它涵盖了生理过程以及外部微扰对细胞的影响。借助高通量组学技术,研究者可以系统性地分析大量分子在不同细胞状态下的变化,从而提升AIVC的准确性。
AIVCs的进化:闭环主动学习系统
AIVCs正在向自适应进化系统发展,其中闭环主动学习系统(Closed-Loop Active Learning Systems)是关键。与传统方法依赖被动数据积累不同,闭环系统结合AI预测与机器人实验,主动探索细胞的动态状态并填补知识空白。这种系统能够有效识别知识缺口、设计实验并执行扰动,实时优化模型,以加速科学研究。
低门槛切入点:选择适合的细胞模型
AIVCs的细胞模型选择至关重要。不同的细胞模型各有优缺点,研究建议从酵母模型入手——因为酵母不仅结构简单,还具有真核细胞的特性,数据也相对丰富。虚拟酵母细胞(Virtual Yeast Cell)作为AIVCs的入门方向,将为后续研究奠定基础。接下来,人类癌细胞系则是重要目标,能够推动在精准医学和药物开发中的应用。
总结
未来,AIVCs有望在药物开发、疾病建模和基础生物学研究中发挥重大作用,而科学界的协同合作对推动这一领域的发展至关重要。因此,建立AIVCs的标准和最佳实践,将是下一阶段的重要任务,以确保AIVCs能够真正实现其在计算生物学和生物医学研究中的变革性潜力。
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